Il territorio di San Cesario sul Panaro è situato nell'alta pianura modenese, sulla destra del fiume Panaro. È territorio ricco di risorgive, dalle cui falde acquifere si prelevano le risorse idriche per la città di Modena. Straordinario interesse naturalistico riveste il parco "all'inglese" di Villa Boschetti, ora comunale, realizzato nel 1821 con platani, farnie, frassini, tigli e altri alberi secolari, che possiede sentieri, vialetti, uno specchio d'acqua e collinette, una delle quali adibita a ghiacciaia.

Numerosi ritrovamenti archeologici di epoca preistorica testimoniano che la zona di San Cesario è stata abitata fin dal quinto o sesto millennio avanti Cristo. Col crollo dell'impero romano il territorio di San Cesario, anticamente chiamato "selva di Wilzacara",  passò sotto il dominio prima dei Longobardi e poi dei Franchi che lo donarono all'Abbazia benedettina di Nonantola. Presso la "corte" di Wilzacara, importante postazione sulla medievale via Romea citata dall'825, i monaci fondarono un monastero e una chiesa dedicata al martire San Cesario. Nell'885 vi morì papa Adriano III, sepolto a Nonantola presso i monaci che ne promossero il culto. Wilzacara entrò in possesso del marchese Bonifacio di Toscana e poi di sua figlia Matilde di Canossa, che nel 1112 l'avrebbe donata al clero di San Cesario. Un'immagine di Matilde sembra fosse raffigurata sul portale della corte di Wilzacara. Dal 1404 fino alla promulgazione delle leggi napoleoniche (1796), venne dominato dalla famiglia Boschetti.