La chiesa fu costruita dal 1723 al 1732, sostituendo l'antica e rovinosa parrocchiale di San Michele; il titolo di San Michele rimase fino al 1774, quando, per concessione del duca Francesco III d'Este, vi si insediò la confraternita di San Giovanni della Buona Morte che assisteva i condannati alla pena capitale. Il progetto spetta al conte padovano Girolamo Frigimelica Roberti (1653-1732), all'epoca al servizio ducale, letterato, esperto d'idraulica ma soprattutto brillante architetto sulla scia dello stile palladiano, attivo nel Veneto e noto per aver progettato le architetture nel giardino di Villa Pisani a Stra come il Belvedere e il Labirinto.

Il piccolo tempio, con unico portale sulla via Emilia,  presenta una facciata fra due coppie di lesene,  coronata dal frontone triangolare. Le pareti laterali si curvano in un perimetro ellissoidale che riprende lo sviluppo interno della struttura. Il corpo della fabbrica si eleva nell'ampio tiburio pure di pianta ellittica, traforato da finestroni, e sormontato dalla lanterna cilindrica. L'interno è a pianta centrale, con aula unica ellissoidale, dalla quale si irradiano le due cappelle laterali e quattro cappellette a nicchioni; il luminoso ambiente è concluso dall'ampia volta con culmine nella lanterna. Vi sono custodite opere di notevole valore artistico, fra cui il celebre Compianto sul Cristo morto, capolavoro in terracotta del plastico modenese Guido Mazzoni del 1476, e due pale d'altare di primo Settecento di Antonio Consetti, pittore della corte estense.