La chiesa di San Paolo - non più officiata dal 1969 - costituisce una presenza edilizia fra le più complesse e interessanti in ambito cittadino.

Fu fondata nel 1192 su un percorso che collegava una porta secondaria delle mura alla piazza Grande, centro della città. La struttura romanica della fine del secolo XII si è conservata nei fianchi esterni con monofore e cornice di arcatelle, ed è attestata da un sito archeologico nella sagrestia. Sede di parrocchia, sul finire del Quattrocento vide insediarsi un monastero di suore benedettine, che edificarono l'adiacente complesso conventuale.

La chiesa "esterna", e cioè aperta ai fedeli, fu dotata nel 1604 di un campanile edificato da Raffaele Rinaldi detto il Menia, noto come architetto al servizio della Comunità; quindi, nel 1653, fu arricchita all'interno da un apparato in stucco, su progetto di Cristoforo Malagola detto il Galaverna, interprete fra i maggiori del barocco della capitale estense, e da una grande ancona in scagliola di Antonio Loraghi, architetto ducale. Sempre agli inizi del Seicento, venne costruita la chiesa "interna", vasta sala riservata alle monache, adiacente a quella "esterna", e decorata da quattro statue dei Santi Geminiano, Agostino, Pietro e Paolo, eseguite da Giovan Battista Codebue, seguace di Antonio Begarelli. Nel 1890 la chiesa venne "tagliata" per rettificare il percorso stradale e la facciata fu ricostruita in stile neoromanico su progetto dell'ingegnere comunale Alfonso Parenti.

La chiesa di San Paolo è porzione facente parte del vastissimo complesso del convento delle Agostiniane, che con la Restaurazione austro-estense accolse un Educandato femminile, in epoca post unitaria Educatorio San Paolo. Il complesso, che possiede suggestivi cortili di varie epoche, è stato completamente ristrutturato e destinato a sede universitaria.